Şener Eruygur, Ergenekon soruşturması kapsamında 1 Temmuz 2008'da gözaltına alındıktan sonra tutuklanarak cezaevine gönderildi.
2008 Eylül ayında 'sağlık sorunları' yüzünden tahliye edilen Eruygur, bir süre GATA'da tedavi gördü.
İstanbul 13'üncü Ağır Ceza Mahkemesi, yaklaşık 3 buçuk yıldır dışarıda olan Şener Eruygur'u 'sağlık durumunun cezaevinde kalmasına engel olup olmadığının' öğrenilmesi için Adli Tıp Kurumu'na sevk etti.
28 Aralık 2011'de muayene edilen Eruygur hakkındaki rapor tamamladı.
Beyin ve kalp rahatsızlıkları açısından incelenen Eruygur'da ciddi sağlık problemine rastlanmadı.
"Cezaevinde kalmasına engel bulunmadığına" ilişkin rapor mahkemeye gönderildi.
2'inci Ergenekon iddianamesinde, örgüt yöneticiliği ve darbeye teşebbüsle suçlanan Şener Eruygur hakkında, ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası isteniyor.