Takımların gruplara dağılımı şöyle oldu:
Kırmızı Grup:
Adana Demirspor, Kızılcahamamspor, Etimesgut Şekerspor, Bandırmaspor, Mardinspor, Adıyamanspor, Denizli Belediyespor, Alanyaspor, Fethiyespor, Altınordu, Ünyespor, Körfezspor, Eyüpspor, Kırklarelispor, Sarıyer, Çankırı Belediyespor, 1461 Trabzon.
Beyaz Grup:
İskenderun Demir Çelikspor, BUGSAŞ Spor, Balıkesirspor, Yeni Malatyaspor, Diyarbakırspor, Şanlıurfaspor, Turgutluspor, Konya Torku Şekerspor, Altay, Tokatspor, Bozüyükspor, Kocaelispor, Gaziosmanpaşaspor, Tepecikspor, Pendikspor, Çorumspor, Ofspor.
Spor Toto 2. Lig'de sezonu 10 Eylül 2011 tarihinde başlayacak. Fikstür çekiminin ise 21 Ağustos Pazar günü yapılacağı bildirildi.
Lig statüsüne göre, gruplarını ilk sırada tamamlayan takımlar doğrudan Bank Asya 1. Lig'e yükselecek. Her grubu 2., 3., 4. ve 5. bitiren takımlar play-off oynama hakkını kazanacak. Play-off karşılaşmaları tek maç eleme usulüne göre oynanacak. Finali kazanan takım Bank Asya 1.Lig'e yükselecek son ekip olacak.
Spor Toto 2. Lig gruplarında 15, 16 ve 17. sıraları alan toplam 6 takım, Spor Toto 3. Lig'e düşecek